Mali İşler Şube Müdürlüğünün görevleri şunlardır;
a) Başkanlığın harcama yetkilisi, gerçekleştirme görevlisi ve mutemetlik yetkilerinin verilmesi için Makamdan onay almak ve alınan onay ile imza sirkülerini Strateji Geliştirme Dairesi Başkanlığına ve Merkez Saymanlık Müdürlüğüne göndermek.
b) Yurt içi ve yurt dışına geçici olarak görevlendirilecek Başkanlık personeli için avans verilmesi, görev bitiminde yolluk hazırlanması ve ödeme emri belgesi ile birlikte ödeme birimlerine göndermek.
c) Tayin olan Başkanlık personeline yurt içi/yurt dışı sürekli görev yolluğu ve emekliye ayrılan Başkanlık personeline ödeme emri belgesini, hazırlamak ve ödeme emri belgesi ile birlikte ödeme birimlerine göndermek.
ç) Yurt içi ve yurt dışı kurslara katılan Başkanlık personelinin katılım bedellerinin ödenmesi için gerekli işlemleri yürütmek.
d) Bütçe ödeneklerini takip etmek ve gerektiğinde ek ödenek temin etmek.
e) Başkanlığın bir sonraki yılın bütçe teklifini hazırlamak ve bütçe çalışmalarına katılmak.
f) Başkanlığın Kalite Yönetim Sistemi ve Sürekli Kurumsal Gelişim Projesi kapsamındaki iş ve işlemlerini yürütmek.
g) 5018 sayılı Kanun ve ikincil mevzuatında belirtilen iç kontrol ve risk yönetimi ile benzeri konulardaki iş ve işlemleri yapmak.
ğ) İç Kontrol Standartları Uyum Eylem Planları gereği Başkanlık tarafından yerine getirilmesi planlanan eylemlerin sonuçlarını takip etmek ve yazışmalarını yapmak.
h) Ek ders ücretlerinin tahakkuklarını yapmak ve ödemelerini gerçekleştirmek.
ı) Başkanlık çalışanlarının mali konuları ile ilgili her türlü iş ve işlemleri yürütmek.
i) Merkez teşkilatında görev yapan personelin maaş promosyonu ile ilgili iş ve işlemleri yürütmek.
j) Başkanlıkta staj yapan öğrencilerin staj ücretlerinin ödenmesi ile ilgili iş ve işlemleri yapmak.
k) Döner Sermaye İşletmesi Müdürlüğünden ve Destek Hizmetleri Dairesi Başkanlığından Başkanlığın ihtiyacı olan malzemeleri temin etmek.
l) Destek Hizmetleri Dairesi Başkanlığı ile Döner Sermaye İşletmesi Müdürlüğünden veya satın alma suretiyle temin edilen malzemelerin Taşınır İşlem Fişi düzenlenerek ambar girişlerini sağlamak ve ihtiyacı olan birimlere dağıtımını yapmak.
m) Personele verilen dayanıklı taşınırların zimmet işlemlerini yapmak.
n) Merkez Saymanlık Müdürlüğüne üçer aylık dönemler halinde Başkanlığa gelen ve dağıtımı yapılan malzemelere ait giriş ve çıkış raporlarını bildirmek.
o) Başkanlık zimmetinde bulunan ihtiyaç fazlası taşınır malzemelerin yönetmelik çerçevesinde diğer harcama birimlerine ve başka kurumlara devir işlemlerini yapmak.
ö) Dayanıklı taşınır malzemelerin, Döner Sermaye İşletmesi Müdürlüğü ve ilgili servislerle temasa geçilerek tamir ve bakımını yaptırmak.
p) Başkanlık görev alanlarının ve bu alanlarda kalan her türlü malzemenin bakım onarım ve temizliğinin yapılmasını temin etmek.
r) Kullanım süresi dolmuş ve kullanılamayacak durumda olan dayanıklı taşınır malzemelerin hurdaya ayırma ve kayıttan düşme işlemlerini yapmak.
s) Taşınır Mal Yönetmeliğinin 34 üncü maddesine göre Başkanlığın Taşınır Yönetimi Hesabını düzenlemek, Strateji Geliştirme Daire Başkanlığına göndermek.
ş) Taşınırların her mali yılbaşında sayımını yaparak kontrol etmek.
t) 5018 sayılı Kanun gereğince Başkanlıkça yapılması gereken ayniyat ve mutemetlik işlerini yürüterek bakım ve onarım işleri ile taşınır mal kayıt işlerinin yürütülmesini sağlamak.
u) Stratejik eylem planları gereği Başkanlık tarafından yerine getirilmesi planlanan eylemlerin ve performans izleme raporları ile tamamlanmadığı bildirilen eylemlerin sonuçlarını takip etmek ve yazışmalarını yapmak.
ü) 19/4/1990 tarihli ve 3628 sayılı Mal Bildiriminde Bulunulması, Rüşvet ve Yolsuzluklarla Mücadele Kanunu gereğince mal bildirimlerini bilişim sistemleri üzerinden takip etmek, arşivlemek ve her düzeydeki personelin mal bildirimlerini inceleyerek karşılaştırmalarını yapmak, bildirimlerinde fark görülen personelden Mal Bildirimi Komisyonunu kararı çerçevesinde açıklama istemek ve sonucu Komisyona sunmak.
v) Malvarlıklarında meydana gelen artışlar hakkında tereddüt varsa, konuyu Mal Bildirim Komisyonuna havale etmek.
y) Mal Bildirim Komisyonunun sekretarya işlerini yürütmek.
z) Şube Müdürlüğünün görev alanı ile ilgili müracaat, şikâyet ve bilgi edinme başvurularını cevaplamak.
aa) Mevzuatın öngördüğü ve Daire Başkanı tarafından verilen diğer işleri yapmak.